农村供水工程水处理宜选择净水设备，尤其是II型和III型农村供水工程应优先选择净水设备，降低管理难度。净水设备通常包括除氟、除铁除锰、苦咸水淡化和常规水处理一体化设备，净水设备的选择应根据原水水质、设计供水量、运行管理条件确定，并应符合国家现行行业产品质量标准。
水处理构筑物设计时，应按原水水质、设备检修、清洗或事故等情况下的最不利工况进行校核，并应满足用户对供水的最低要求。
水处理构筑物应根据具体情况设置必要的排泥管、放空管、溢流管和冲洗设备等。沉淀池的污泥、滤池的反冲洗水及其它生产废水应根据具体情况妥善处理和排放。在贫水地区，滤池的反冲洗水应考虑回收利用。
水处理构筑物应采取安全防护措施。构筑物上的主要通道，应设防护栏杆。在寒冷地区，净水构筑物应有防冻措施。